托克逊县畜牧兽医局成立于1982年,2007年更名为托克逊县畜牧兽医局。下设:畜牧兽医工作站、动物卫生监督所、草原工作站、草原监理站。
  2015年末,托克逊县牛羊育肥115.23万头(只),其中:(牛6.38万头、羊83.33万只,标准数一头牛等于5只羊),完成率100.2%;牛羊自繁自育(标准畜)30.14万只,完成率101%;已引进多胎基础母羊引进0.1320万只,完成率132%;多胎能繁母羊饲养量年底达到了1.22万只,完成率102%。全县各类牲畜存栏32万头(只);新增出栏肉羊5万只。黑羊达17.5万只,吐鲁番驴饲养0.357万头,斗鸡养殖年任务2.09万羽,黄牛冷配 0.605万头,种植优质饲草10.04万亩。
  2016年,托克逊县以党的十八大精神和自治区、地区畜牧工作会议精神为指导,以畜牧业持续增效为目标,以实施畜牧业转型升级为主线,以提升畜牧产业化发展水平和市场竞争力为核心,以强化动物疫病防疫工作为重点,深入开展畜禽养殖标准化示范创建活动和动物疫病防控标准化示范创建活动,努力实现标准化养殖更加强劲、动物疫病综合防控更加扎实、畜产品质量安全监管更加有力的目标。深入贯彻落实畜牧业发展相关文件精神,确保畜牧兽医工作有序开展。
  2016年年末托克逊县牲畜存栏33万头(只),牛羊育肥计划完成120万头(只),饲草种植9.5万亩、斗鸡发展2.5万羽、吐鲁番黑羊发展19.5万只,吐鲁番驴发展0.4万头,畜牧业人均增收占农牧民人均增收的10%。新建养殖场20个,其中积极开展美丽乡村创建工作,建设小户集中连片养殖场4个(伊拉湖镇2个、博斯坦乡2个),小畜杂交改良计划2万只,黄牛品种改良6000头。2016年要计划完成9.5万亩的种草任务,饲草加工30万吨,青贮7万吨。