阿图什市畜牧兽医局是主管阿图什市畜牧业的行政职能部门,成立于1984年,下辖:市动物卫生监督所、市畜牧兽医站、市草原站、市草原监理所以及7乡(镇)畜牧兽医站,共有干部职工304人,其中行政管理人员5人,高级职称20人,中级职称115人,初级职称120人,技术员14人,其他公职人员30人。招聘村级动物防疫员50名,招聘草原管护员9名。近年来,在市委、市人民政府的领导下,在上级部门的关心帮助下,阿图什市畜牧兽医局开拓创新,锐意进取,内强素质,外塑形象,服务于基层,服务于农牧民,狠抓疫病防治、动物卫生监督、牲畜品种改良、草原保护和牧业基础设施建设,推动了阿图什市现代畜牧业快速发展。
  2013年末牲畜存栏头数47.5万头(只),其中:适龄生产母畜35.6万头(只),母畜比例75%;产幼畜34万头(只),成活幼畜33.4万头(只),繁殖成活率97.3%;出栏牲畜40.9万头(只),出栏率87%;商品牲畜33.41万头(只),商品率为71%。家禽存栏60万羽,出栏100万羽。肉产量1.4万吨,奶产量1.8万吨,毛产量900吨,绒产量28吨,蛋产量700吨。全市天然草原面积1053万亩,其中禁牧草原面积300万亩、草畜平衡草原753万亩。养殖育肥大户1550户,养殖小区60座,养殖农民专业合作社185个,标准化规模养殖示范基地1处。
  2014年,阿图什市畜牧业将全面贯彻落实科学发展观,积极开展“党的群众路线教育实践活动”和“访民情、惠民生、聚民心”活动,坚持以“改造提升传统畜牧业、开拓创新现代畜牧业”为方针,坚持“统筹规划、科学布局、突出重点、分类指导”四项原则,按照在城郊重点发展家禽和生猪养殖,在农区重点发展奶牛养殖和牛羊育肥,在牧区加快畜群周转,提高牲畜出栏到农区育肥的发展方向,继续狠抓畜禽良种繁育体系、饲草料保障体系、动物疫病防疫体系、畜牧业产业化经营体系、畜牧业科技支撑和服务体系、畜牧业行政执法体系建设,积极实施草原生态保护补助奖励机制,重点推进阿图什市松他克乡和阿扎克乡标准化养殖小区建设和家禽、生猪养殖基地建设;重点发展上阿图什镇和阿湖乡西门塔尔牛纯种繁育基地和肉牛、肉羊育肥基地建设;以“格达良羊肉”品牌为依托,重点发展格达良乡肉羊育肥产业;推动哈拉峻乡和吐古买提乡柯尔克孜羊和绒山羊繁育基地建设,加快草原畜牧业转型,努力实现农林牧相结合的复合型现代畜牧业发展目标。
  2015年目标:存栏牲畜48万头(只),存栏家禽120万羽;出栏牲畜44万头(只),出栏家禽150万羽。肉产量达到15000吨,奶产量达到20000吨,蛋产量达到900吨,毛产量达到950吨,绒产量达到29吨。养殖育肥大户2000户,养殖小区75座,养殖农民专业合作社200个。定居兴牧完成2533户,牧道建设100公里,缺水草场饮水工程铺设管道100公里,围栏草场300万亩,建成草原管护站11座。“十二五”规划末建成家禽100万羽,优质肉羊20万只,优质绒山羊5万只,优质奶牛1万头,生猪1万头的生产基地。
畜牧业基础设施建设和产业发展

  1.建设了10万亩草场围栏,铺设100公里缺水草场引水工程,80公里牧道建设,5000户农牧民棚圈建设,20座药浴池建设,新建人工草场1万亩。
  2.新建市动物卫生监督所、畜牧兽医站、草原站和7乡(镇)畜牧兽医站办公场所,新建化验室1座,应急物资储备库1座,新建配种站21座,草原管护站7座,配备了动物疫病防治冷链设施和交通工具。
  3.阿图什市定居兴牧工程从2010年启动,截止目前,全市共建设定居兴牧房屋1870户,配套羊圈1870座,2014年计划建设定居兴牧房屋663户。
  4.阿图什市草原生态保护补助奖励机制政策从2011年开始实施,每年发放补助奖励资金3168.75万元,三年累计发放补助奖励资金为9506.25万元,全市共有6909户牧户33160人从中受益。阿图什市落实禁牧草原300万亩,草畜平衡草原753万亩,核减牲畜11万只标准羊单位。
  5.目前,阿图什市共有养殖育肥大户1550户,养殖小区60座,养殖农民专业合作社185个。
  6.阿图什市大批量引进种公绒山羊、柯尔克孜种公羊、生产母羊、西门塔尔牛等优质品种和奶牛优质冻精,加大牲畜品种改良工作力度。同时为了推进阿图什市柯尔克孜羊品种改良步伐,在吐古买提乡和哈拉峻乡建成 100个柯尔克孜羊、绒山羊核心群,并完成了12000只绵山羊的鉴定工作,有效推进了牲畜良种化进程.
  7.在上阿图什镇建成年产100万羽家禽屠宰、真空包装生产线,苏碧汗酸奶加工厂正在建设中。